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农家肥中的有机质能够为作物提供非常丰富的养分，还能够提高土壤的肥力，改善土壤的理化性质。不过在农家肥的使用过程中又存在一个问题就是农家肥没有腐熟或腐熟不完全就直接施用会严重影响作物的生长。

1.烧根烧苗

不发酵的畜禽粪便施到农田，因为发酵不彻底，会发生“二次发酵”的现象，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵；当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”，严重时会导致植株死亡。

2.滋生病虫害

粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播、作物发病。未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的爆发。

3.产生毒气

未腐熟的粪便在分解的过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。

4.土壤缺氧

未腐熟的粪便在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。

5.养分流失

在传统堆沤粪便的过程中，由于自然分解、风吹雨淋等原因，氮磷钾等养分浪费流失十分严重，一般利用率只有50%左右。

6.肥效缓慢

未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。

所以农家肥需要发酵后才能够更好的达到理想肥效。

将购买到稻壳粪与如金有机肥接种剂做有机肥时，稻壳粪中应加足量水分，令肥湿透，并按照底宽1.5-2米，上部宽1.2-1.5米，高度1-1.2米建堆，堆的长度不限，然后再堆的顶部使用直径为6-8厘米的木棒打孔，并且要深到堆底，间隔20-25厘米一个通气孔，在粪堆顶部打6-7行通气孔。这主要是为了保证粪肥在发酵时有充足的氧气供应，然后覆膜，进行提温发酵。

在发酵时，要注意使用温度计插到表层20厘米以下进行测温，将堆温保持在60℃以上，80℃以下，维持两天的时间进行翻堆。翻堆时将外面的粪肥翻到粪堆里面，将里面的翻到外面，同时还要注意上层与下层的粪肥要交换位置。

再次建堆发酵时，注意补充水分。经过3-4次翻堆后，当粪肥无臭味时表明已经完全发酵腐熟。